舍飼圈養波爾山羊由于營養比較單純，加之運動量減少，會使波爾山羊抵抗力降低而感染疾病。
因此除平時加強管理外更應該做好防疫滅病工作，羊病防治必須堅持“預防為主”的方針，搞好環境衛生，定期消毒，開展防疫檢疫，定期驅蟲，具體的操作有以下幾點：
（一）嚴格執行防疫制度。從引種到出售要嚴格檢疫，外地引進波爾山羊種羊要來自非疫區，外購的飼料和用具也要從安全地區購入。
（二）搞好圈舍環境衛生。圈舍墻壁、地面、用具，應保持清潔干燥，堅持每天清糞便墊圈，糞便污物運到妥善場地堆積發酵，開展滅蠅滅鼠防止攜帶傳播，保持飼草清潔干燥，飲水清潔無冰凍。
（三）加強飼養管理。堅持自繁自養，謹慎引入羊只，防止帶入傳染病，注意階段、各時期羊的營養均衡供應，妥善安排各生產環節。
（四）做好波爾山羊消毒工作。消毒是貫徹“預防為主”方針的一項重要措施，其目的是消滅傳染源的傳播與外界環境中的微生物，切斷傳播途徑，阻斷疾病繼續蔓延。
（五）有計劃的給波爾山羊免疫接種。根據當地傳染病的流行情況在獸醫部門的指導下開展免疫接種，一般在每年的春季和秋季進行預防接種工作。免疫注射常用的疫苗：（1）羊三聯四防苗（2）口蹄疫病毒疫苗（3）山羊痘凍干苗。
（六）定期組織波爾山羊驅蟲。常見藥物有阿維菌素類和伊維菌素類，以及丙硫咪唑，左旋咪唑等。
（七）實施藥物預防。包括藥物、安全廉價的藥物拌料或飲水，以及微生物復合菌制劑應用等。
（八）預防中毒。不喂霉敗飼料，不用污濁或受污染的水飼喂波爾山羊，剔除青干野草中的有毒植物。注意飼料的正確調制處理，妥善貯藏以及適當的搭配比例，防止草菜莖葉上殘留的農藥和誤食滅鼠藥中毒。